Как методы апплета, так и методы веб-запуска при развертывании приложений JavaFX используют файлы JNLP.
Это изменение по сравнению с прошлым, когда JNLP использовался только WebStart (на что вы ссылаетесь).
Нет большой разницы, это зависит от опыта пользователя, который вы хотите, чтобы пользователь имел. Я бы сказал, что для большинства значимых приложений вам лучше использовать более традиционный метод запуска приложений с помощью веб-старта (загрузите файл JNLP по ссылке и запустите javaws).
Существуют тонкие различия в привилегиях безопасности между апплетом и веб-запуском, более того, в JavaFX также есть некоторые различия API в том, что работает в апплете, и в приложении, запущенном в веб-запуске. Они медленно устраняются.