При установке PythonMagick в VENV, очевидно, вам также необходимо добавить системную переменную с именем MAGICK_HOME, чтобы Magick мог найти файлы конфигурации.
Добавить следующее в переменную пользователя
MAGICK_HOME = %your-project-dir%\venv\Lib\site-packages\PythonMagick
Затем перезапустите PyCharm.