Как отладить сбой установки пакета R? - PullRequest
Новая
       21

Как отладить сбой установки пакета R?

0 голосов
/ 19 января 2019

Я пытаюсь установить пакеты CRAN (из зеркала) в записную книжку Jupyter, запущенную через JupyterLab и работающую в образе установщика Alpine Linux, при этом большинство вещей устанавливается с помощью conda. Некоторые пакеты работают ... 

install.packages('ABCanalysis', verbose=TRUE, INSTALL_opts=c('--debug'), repos=...)

... который выводит ... 

system (cmd0): /opt/conda/lib/R/bin/R CMD INSTALL --debug 
also installing the dependency 'plotrix'

foundpkgs: plotrix, ABCanalysis, /tmp/RtmpqoorrU/downloaded_packages/plotrix_3.7-4.tar.gz, /tmp/RtmpqoorrU/downloaded_packages/ABCanalysis_1.2.1.tar.gz
files: /tmp/RtmpqoorrU/downloaded_packages/plotrix_3.7-4.tar.gz, 
    /tmp/RtmpqoorrU/downloaded_packages/ABCanalysis_1.2.1.tar.gz
1): succeeded '/opt/conda/lib/R/bin/R CMD INSTALL --debug -l '/opt/conda/lib/R/library' /tmp/RtmpqoorrU/downloaded_packages/plotrix_3.7-4.tar.gz'
2): succeeded '/opt/conda/lib/R/bin/R CMD INSTALL --debug -l '/opt/conda/lib/R/library' /tmp/RtmpqoorrU/downloaded_packages/ABCanalysis_1.2.1.tar.gz'
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done

install.packages('bitops', verbose=TRUE, INSTALL_opts=c('--debug'), repos=...)

... но некоторые пакеты не ... 

install.packages('bitops', verbose=TRUE, INSTALL_opts=c('--debug'), repos=...)

system (cmd0): /opt/conda/lib/R/bin/R CMD INSTALL --debug
foundpkgs: bitops, /tmp/RtmpqoorrU/downloaded_packages/bitops_1.0-6.tar.gz
files: /tmp/RtmpqoorrU/downloaded_packages/bitops_1.0-6.tar.gz
Warning message in install.packages("bitops", verbose = TRUE, INSTALL_opts = c("--debug"), :
"installation of package 'bitops' had non-zero exit status"Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done

Я подозреваю, но не уверен, что пакеты, которые не нуждаются в компиляции, и те, которые этого не делают.

Как я могу это отладить, то есть как я могу обнаружить, что вызывает ненулевой код выхода? И --debug, и verbose не показывают ничего полезного.

1 Ответ

0 голосов
/ 21 января 2019

Использовать keep_outputs = TRUE, т.е. 

install.packages('bitops', keep_outputs = TRUE, repos=...)

Это сохранит выходные данные установки в файле с именем bitops.out в текущем рабочем каталоге.

...