Если вы не пишете плагин, вы можете отредактировать файл .project и удалить природу плагина, а также, возможно, и природу инструментов API, если она там есть.
<projectDescription>
...
<natures>
<nature>org.eclipse.pde.PluginNature</nature>
<nature>org.eclipse.jdt.core.javanature</nature>
<nature>org.eclipse.pde.api.tools.apiAnalysisNature</nature>
</natures>
</projectDescription>