У меня есть текстовый файл, как в следующем небольшом примере:
chr1 HAVANA transcript 12010 13670 . + . gene_id "ENSG00000223972.4"; transcript_id "ENST00000450305.2"; gene_type "pseudogene"; gene_status "KNOWN"; gene_name "DDX11L1"; tr
anscript_type "transcribed_unprocessed_pseudogene"; transcript_status "KNOWN"; transcript_name "DDX11L1-001"; level 2; ont "PGO:0000005"; ont "PGO:0000019"; havana_gene "OTTHUMG00000000961.2"; havana_tran
script "OTTHUMT00000002844.2";
chr2 HAVANA exon 53 955 . + . gene_id "ENSG00000223972.4"; transcript_id "ENST00000450305.2"; gene_type "pseudogene"; gene_status "KNOWN"; gene_name "DDX11L1"; transcript
_type "transcribed_unprocessed_pseudogene"; transcript_status "KNOWN"; transcript_name "DDX11L1-001"; exon_number 1; exon_id "ENSE00001948541.1"; level 2; ont "PGO:0000005"; ont "PGO:0000019"; havana_gene
"OTTHUMG00000000961.2"; havana_transcript "OTTHUMT00000002844.2";
ожидаемый результат для небольшого примера:
chr1 HAVANA transcript 11998 12060 . + . gene_id "ENSG00000223972.4"; transcript_id "ENST00000450305.2"; gene_type "pseudogene"; gene_status "KNOWN"; gene_name "DDX11L1"; tr
anscript_type "transcribed_unprocessed_pseudogene"; transcript_status "KNOWN"; transcript_name "DDX11L1-001"; level 2; ont "PGO:0000005"; ont "PGO:0000019"; havana_gene "OTTHUMG00000000961.2"; havana_tran
script "OTTHUMT00000002844.2";
chr2 HAVANA exon 41 103 . + . gene_id "ENSG00000223972.4"; transcript_id "ENST00000450305.2"; gene_type "pseudogene"; gene_status "KNOWN"; gene_name "DDX11L1"; transcript
_type "transcribed_unprocessed_pseudogene"; transcript_status "KNOWN"; transcript_name "DDX11L1-001"; exon_number 1; exon_id "ENSE00001948541.1"; level 2; ont "PGO:0000005"; ont "PGO:0000019"; havana_gene
"OTTHUMG00000000961.2"; havana_transcript "OTTHUMT00000002844.2";
во входном файле есть разные строки. каждая строка начинается с chr. В каждой строке есть несколько столбцов, а разделителями являются табуляция или «;».
Я хочу создать из этого файла новый файл, в котором будут изменения только в столбцах 4 и 5. Фактически столбец 4 в новом файле будет ((column 4 in original file)-12), а 5-й столбец в новом файле будет ((column 4 in original file)+50). единственная разница между входным файлом и выходным файлом в числах в 4-м и 5-м столбцах.
Я попытался сделать это в awk, используя следующую команду:
awk 'BEGIN { FS="\t;" } {print $1"\t"$2"\t"$3"\t"$4=$4-12"\t"$5=$4+50"\t"$6"\t"$7"\t"$8"\t"$9" "$10";"$11" "$12";"$13" "$14";"$15" "$16";"$17" "$18";"$19" "$20";"$21" "$22";"$23" "$24";"$25" "$26";"$27" "$28";"$29" "$30";"$31" "$32";"$33" "$34";"$35" "$36";"$37" "$38";" }' input.txt > test2.txt
при запуске кода будет возвращена эта ошибка:
awk: cmd. line:1: BEGIN { FS="\t;" } {print $1"\t"$2"\t"$3"\t"$4=$4-12"\t"$5=$4+50"\t"$6"\t"$7"\t"$8"\t"$9" "$10";"$11" "$12";"$13" "$14";"$15" "$16";"$17" "$18";"$19" "$20";"$21" "$22";"$23" "$24";"$25" "$26";"$27" "$28";"$29" "$30";"$31" "$32 ";" $33" "$34";"$35" "$36";"$37" "$38";" }
awk: cmd. line:1: ^ syntax error
awk: cmd. line:1: BEGIN { FS="\t;" } {print $1"\t"$2"\t"$3"\t"$4=$4-12"\t"$5=$4+50"\t"$6"\t"$7"\t"$8"\t"$9" "$10";"$11" "$12";"$13" "$14";"$15" "$16";"$17" "$18";"$19" "$20";"$21" "$22";"$23" "$24";"$25" "$26";"$27" "$28";"$29" "$30";"$31" "$32 ";" $33" "$34";"$35" "$36";"$37" "$38";" }
awk: cmd. line:1: ^ syntax error
Вы знаете, как это исправить? Я хочу получить выходной файл в том же формате, что и входной файл. имеется в виду те же разделители.