В качестве обходного пути вы можете использовать свойства gradle.
В поле аргументов intellij добавьте -Pargs=--myArg=value
Тогда в вашем build.gradle
добавьте
bootRun {
if (project.hasProperty('args')) {
args project.args.split(',')
}
}
Теперь они должны быть доступны, используя ApplicationArguments
внутри вашего приложения.