Если ваше приложение представляет собой сервер, вы можете запустить его с агентом и запустить отдельный тест JMH, который бы измерял количество обращений к вашему приложению. Таким образом, ваше приложение будет работать с этим агентом или без него, и тестовый код не будет мешать ему. Но вам придется выделить множество факторов, таких как задержка вызова, использование процессора вызывающим абонентом (если вы запускаете вызывающего абонента с одного хоста), распределение вызовов (у вас много разных вызовов на сервере, но только пара в эталон) и т. д.
Если бы вместо этого вы бы использовали бенчмарк внутри агента процесса, к которому я подключен, я бы не стал доверять этому результату, если только действия не занимают очень много времени, например> 5 мс.