Мне удалось воссоздать вашу проблему (получить исключение IOException с сообщением «Невозможно определить URL-адрес для подключения»), используя указанную вами команду.
Я думаю, что в этом случае проще всегоdo будет исключать использование кавычек в пути к исходному каталогу и выполнять следующее:
java -jar batik-rasterizer-1.10.jar -d "D:/PDF" -m application/pdf -dpi 1200 -w 9921 -h 14031 D:/SVG/topic*.svg