Когда вы удалили один элемент списка на первой итерации цикла, список, содержащий два элемента, содержит один элемент на второй итерации и ссылка на индекс 2
недопустима.
Принимая во внимание list_Of_Words.remove(2)
это бросает IndexOutOfBoundsException
.
Вы можете использовать счетчик для подсчета количества удалений и использовать его для уменьшения индекса для удаления:
int removal = 0;
for (int numb:List_Of_Index){
list_Of_Words.remove(numb-removal);
removal++;
}