Я использую федеративный запрос для получения некоторой информации с удаленного сервера, но я не хочу извлекать все переменные (выберите *), над которыми я работаю внутри федеративного запроса, я хочу просто вернутьпеременная count.Как я могу это сделать?
Код:
SERVICE <https://sparql.uniprot.org/sparql/> {
?sub_bp (rdfs:subClassOf|owl:someValuesFrom)* ?bp_iri .
?protein up:classifiedWith ?sub_bp.
?protein up:organism <http://purl.uniprot.org/taxonomy/10090> .
}
Если бы не было федеративного запроса, я бы сделал так:
SELECT distinct (count(distinct ?protein) as ?count) WHERE {
?sub_bp (rdfs:subClassOf|owl:someValuesFrom)* ?bp_iri .
?protein up:classifiedWith ?sub_bp.
?protein up:organism <http://purl.uniprot.org/taxonomy/10090> .
}
Но в федеративном запросе я не могу выбрать переменные, поэтому есть ли способ сделать то, что я хочу?
** EDIT 1 **
После ответа @TallTed я заметил, что у меня может бытьпропустили некоторые детали, чтобы упростить вопрос, но детали оказались важными, поэтому я опишу всю ситуацию.
У меня есть локальный набор данных, содержащий тройки о биологическом процессе и генах.Я должен посчитать, сколько генов связано с каждым биологическим процессом, и поделить это число на общее количество белков, идентифицированных в Uniprot, о том же биологическом процессе (и его «детях»).
Для этого яСначала запросите мой локальный набор данных, подсчитывающий гены для каждого биологического процесса, а затем я выполняю федеративный запрос, чтобы подсчитать все идентифицированные белки в Uniprot каждого биологического процесса (и его «дочерние»).полный код SPARQL:
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX uniprot: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX up:<http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX owl:<http://www.w3.org/2002/07/owl#>
SELECT DISTINCT ?bp_iri ?bp_count (count(distinct ?protein) as ?bp_total) ((?bp_count / ?bp_total) as ?divided) WHERE {
{
SELECT DISTINCT ?bp_iri (COUNT(?bp_iri) as ?bp_count) WHERE{
?genes_iri a uniprot:Gene .
?genes_iri obo:RO_0000056 ?bp_iri .
}group by ?bp_iri order by DESC(?bp_count)
}
SERVICE silent <https://sparql.uniprot.org/sparql/> {
?sub_bp (rdfs:subClassOf|owl:someValuesFrom)* ?bp_iri .
?protein up:classifiedWith ?sub_bp.
?protein up:organism <http://purl.uniprot.org/taxonomy/10090> .
}
}group by ?bp_iri ?bp_count ?bp_total order by DESC(?divided)
Когда я запускаю этот запрос с помощью Jena ARQ (обработчик запросов), переменная ?bp_iri заменяется в момент запроса HTTP конкретным биологическим процессом IRI (один HTTP-запрос для каждого биологического процесса), как показано на рисунке ниже:
Обратите внимание, что на изображении explain федеративный запрос выбирает все (*), кромепроблема в том, что я не хочу получать все эти отношения, которые я имею в виду в федеративном запросе, я просто хочу получить счетчик, но сount - это расширенная функция, которую можно размещать только перед ключевым словом SELECT.(Я не хочу извлекать все отношения, потому что этот запрос возвращает ОДНО тройку (порядка десятков тысяч, а иногда и миллионов), и нет необходимости иметь их в моем компьютере для подсчета.)
Чтобы решить эту проблему, я попытался создать подзапрос внутри федеративного запроса, чтобы выбрать только количество (?bp_total), а не все тройки.Используемый код:
SERVICE silent <https://sparql.uniprot.org/sparql/> {
{
SELECT (count(distinct ?protein) as ?bp_total) WHERE {
?sub_bp (rdfs:subClassOf|owl:someValuesFrom)* ?bp_iri .
?protein up:classifiedWith ?sub_bp.
?protein up:organism <http://purl.uniprot.org/taxonomy/10090> .
}
}
}
Повторно запустив explain, я заметил, что когда я помещаю подзапрос в объединенный запрос, переменная ?bp_iri не заменяется IRI биологического процесса, как показано на рисункениже:
Explain the subquery inside the federated query">
Учитывая это, как я могу получить только счет из федеративного запроса?
Извините за длинный пост.