Если вы можете подключить удаленный каталог как локальный диск (что я не уверен, что вы можете сделать), вы можете использовать плагин FileSync и настроить его так, чтобы файлы копировались / bin к удаленному каталогу.
Другим вариантом является использование коммерческого MyEclipse. На самом деле, у WTP может быть опция для удаленного развертывания, о которой я не знаю.
Но я бы советовал против такого, если целевой сервер - это нечто большее, чем сервер разработки. Лучше использовать механизм непрерывной интеграции (Hudson) вместе с maven / ant.