Если вы загружаете страницу с помощью xhr, вы только делаете это: загружаете содержимое этой страницы. Если на загружаемой странице есть сценарии, они не будут исполнены , что вам и нужно.
Так что, действительно, лучший совет, который я могу дать, это переосмыслить вашу архитектуру. Возможно ли, чтобы на странице, выполняющей загрузку xhr, загружались сценарии, а не целевая страница? Ужасной идеей было бы проанализировать xhr.responseText, чтобы найти блоки скриптов и проверить их. Неприятное, но довольно широко используемое из соображений производительности решение - отправить xhr для файлов javascript отдельно и eval() их.