Не удается установить пакет каретки в R

Question

Я пробовал несколько способов установить пакет caret в R. Я получаю сообщение об ошибке:

Ошибка: не удалось загрузить пакет или пространство имен для 'caret' в loadNamespace (j <- i [[1L]], c (lib.loc, .libPaths ()), versionCheck = vI [[j]]): нет пакета под названием "dimRed" </p>

Когда я пытаюсь установить dimRed, я получаю следующее сообщение:

Installing package into ‘C:/Users/Thomas/Documents/R/win-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  dependency ‘Biobase’ is not available

  There is a binary version available but the source version is later:
   binary source needs_compilation
dimRed  0.1.0  0.2.1             FALSE

installing the source package ‘dimRed’

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/dimRed_0.2.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 363025 bytes (354 KB)
downloaded 354 KB

ОШИБКА: зависимость 'Biobase' недоступна для пакета 'dimRed' * удаление «C: /Users/Thomas/Documents/R/win-library/3.4/dimRed» В R CMD УСТАНОВИТЬ Предупреждение в install.packages: запустив команду '"C: /PROGRA~1/R/R-34~1.4/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C: \ Users \ Thomas \ Documents \ R \ win-library \ 3.4" C: \ Пользователи \ Thomas \ AppData \ Local \ Temp \ RtmpqKhsKn / download_packages / dimRed_0.2.1.tar.gz 'имели статус 1 Предупреждение в install.packages: установка пакета "dimRed" имела ненулевой статус выхода

Загруженные исходные пакеты находятся в «C: \ Users \ Thomas \ AppData \ Local \ Temp \ RtmpqKhsKn \ downloaded_packages»

За предыдущие посты я обновил RStudio. Я попытался установить из install_url.

Любые предложения приветствуются.

Answer 1

Предупреждение ...

install.packages("BiocManager")

Это работает, только если ваша версия R> = 3.5.0

для информации У меня такая же проблема в Centos и Windows.проблема решена на windows с версии 3.5.1 R.Еще не решено на CentOS (3.4.2)

Answer 2

Я смог понять это.Простой ввод install.packages не будет работать.Чтобы установить Biobase, вы должны запустить следующий код в консоли R:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Biobase", version = "3.8")

Дополнительная информация: https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Biobase.html

После того, как этот шаг сделан, я снова установил курсор с помощью

install.packages("caret",dependencies = T)

А потом все заработало.