Ответ заключается в том, что вы можете достичь того, что вы хотите, с помощью лота хакерских программ, позволяющих использовать архитектуру Cooca NSDocument в одном окне. Но вы действительно не хотите этого делать. Намного проще написать собственную систему для обработки документов с нуля. Начните с шаблона приложения без документов и перейдите оттуда. NSDocument предполагает наличие собственного окна (и связанного с ним NSWindowControllers).