Python - объект модуля сюжета не вызывается - PullRequest
0 голосов
/ 11 мая 2018

Довольно плохо знаком с Python и получаю ошибку: объект 'module' не может быть вызван.

По сути, у меня есть модель с некоторыми реакциями, я использую цикл for, который изменяет некоторые значения выбранных реакций, а затемЯ хочу построить график выхода модели в зависимости от изменения параметра.Возможно, мой код даст более краткий ответ, поэтому вот он:

import cobra
import os
from os.path import join
import matplotlib.pyplot as plt

data_dir = '/Users/stephenchapman/Documents/research/FBA_algae_digesate/COBRApy/iCZ843/iCZ843_models'
model = cobra.io.read_sbml_model(join(data_dir, "iCZ843_mixo.xml"))
NH4_exchange = []
fluxes = []

for i in range(0,100,10):
    model.reactions[15].lower_bound = -i
    model.reactions[15].upper_bound = -i
    solution = model_mixo.optimize()    
    solution.f
    fluxes.append(solution.f)
    NH4_exchange.append(model.reactions[15].lower_bound)
plt('fluxes','NH4_exchange')
plt.show()

Может кто-нибудь помочь мне с этим?

Приветствия

S.

1 Ответ

0 голосов
/ 11 мая 2018

Вы хотите построить массивы (или списки), а не строки.

plt.plot(fluxes, NH4_exchange)

При этом, если вы действительно хотите построить строки, они должны иметь одинаковую длину и сначала быть преобразованы в список, например

plt.plot(list("fluxes"), list("change"))

приведет к

enter image description here

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...