Чтобы передать значения в хранимую процедуру, вам нужно предоставить массив значений в функцию sqlsrv_query ...
$query = sqlsrv_query($conn, "EXEC sp_SRP_DuplicateData(?,?)", array( $_POST['BankName'], $_POST['BankCode'] ));
Хранимая процедура, которую вы опубликовали, выглядит нормально для меня, однако у вас установлено значение SET NOCOUNT ON, которое, я считаю, не будет возвращать количество строк, требуемое функцией sqlsrv_num_rows. Вы должны использовать функцию sqlsrv_has_rows для проверки строк ...
if(sqlsrv_has_rows($query))
{
echo "Bank Name or Bank Code already exist";
}