Существует ли какая-либо библиотека абстракций, которая позволяла бы (в коде Java) общаться с Windows CertificateStore (или) JavaKeyStore?
А бетон можно было "перевернуть" через конфигурацию или IoC?
Поиск «по отпечатку пальца» будет одной из основных функций.
Java:
https://docs.oracle.com/cd/E19830-01/819-4712/ablqw/index.html
Магазин сертификатов Windows:
https://docs.microsoft.com/en-us/dotnet/framework/wcf/feature-details/how-to-view-certificates-with-the-mmc-snap-in