Вы не можете удалить файл из истории, но вы можете удалить его из репозитория, следуя этой справочной статье
В качестве альтернативы, вы можете выполнить выбор вишни с помощью одного из программных средств Git GUI, а затем выбрать все коммиты, кроме того, который вы хотите удалить, в новую ветку. Затем удалите старую ветку.