После некоторых исследований я понял, что Microsoft.AspNet.Identity.Samples изменяет процесс конфигурации, который происходит на этапе конфигурации в начале жизненного цикла приложения.Поэтому добавление GlobalConfiguration.Configure (WebApiConfig.Register) снова на этапе настройки жизненного цикла приложения должно решить эту проблему.