Не уверен, что я правильно понимаю, поэтому позвольте мне перефразировать:
У вас есть веб-приложения, которые должны выполнять Java-код на клиенте. Так что, вероятно, через апплет или, возможно, Java Web Start.
Для апплетов вы можете указать "семейство" Java, как указано в http://java.sun.com/javase/6/webnotes/family-clsid.html
Для JWS вы можете указать версию Java в файле JNLP. Soory, у меня нет документов под рукой ...
Если я неправильно понял вашу проблему, пожалуйста, перефразируйте ее, и я постараюсь получить второй ответ ...