Ошибка файла не найдена при запуске Maxent в biomod2 - PullRequest
0 голосов
/ 11 сентября 2018

Когда я запускаю Maxent в biomod2, я получаю эту ошибку:

Error in file(file, "rt") : cannot open the connection

Дополнительно: Предупреждающие сообщения:

1: running command 'java' had status 1 
2: In file(file, "rt") :
  cannot open file 'Sargassum.muticum.42.1.25.30/models/sstrange_sstmax_parmean_salinity/Sargassum.muticum.42.1.25.30_AllData_RUN1_MAXENT.Phillips_outputs/Sargassum.muticum.42.1.25.30_AllData_RUN1_Pred_swd.csv': No such file or directory

Я следовал шагам http://modata.ceoe.udel.edu/dev/dhaulsee/class_rcode/r_pkgmanuals/MAXENT4R_directions.pdf для добавления пути java и каталог maxent.jar копируется в рабочий каталог, а в пути нет пробелов.

Когда я печатаю

file.exists("maxent.jar")

Я получаю ИСТИННОЕ значение.

Вот мои варианты:

model <- biomod2::BIOMOD_Modeling(formatdata                                   ,models=c("GLM","MAXENT.Phillips","RF","SRE")                                      ,models.eval.meth=c('KAPPA', 'TSS', 'ROC')                                      ,models.options = biomod_options('C:/Users/me/maxent.jar')                                      ,SaveObj = TRUE,do.full.models = FALSE                                      ,NbRunEval=1,DataSplitTable=dataSplitTable                                    ,VarImport=3,modeling.id = gsub("BO_", "", paste0(layers, collapse= "_")))
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...