При использовании en.DATE_EFF_NEW-1 не дает результатов за предыдущий день. Ниже приведен код
comp_output <- sqldf( "select en.*, dout.*,
(case
when dout.LAST_MOD_DATE = en.DATE_EFF_NEW then 'PASS'
when dout.LAST_MOD_DATE = en.DATE_EFF_NEW-1 then 'PASS'
ELSE 'FAIL' END) AS STATUS
from eff_new en
inner join db_output dout on en.OAID=dout.ORGID
")