Похоже, я излишне добавил этот стиль:
.ui-grid-row .ui-grid-cell {
background-color: inherit !important;
}
И чтобы получить желаемый эффект, мне просто нужно было изменить шаблон строки следующим образом:
$scope.gridOptions= {
rowTemplate: '<div>'+
'<div ng-repeat="(colRenderIndex, col) in colContainer.renderedColumns track by col.colDef.name" ' +
'class="ui-grid-cell" ' +
' ng-class="{ \'ui-grid-row-header-cell\': col.isRowHeader, deleted: row.entity.deleted}" ui-grid-cell></div></div>'}
Где удалено: row.entity.deleted - это условие, устанавливающее мой класс.