Я не думаю, что вам нужно делать что-то еще, чтобы достичь этого. Основная цель веб-сервисов заключается в том, что к ним можно получить доступ с любой платформы, и это из-за основного формата XML, на котором базируются веб-сервисы.
Итак, вам просто нужно подключиться к .NET Webservice через Java-клиент так же, как вы подключаетесь к Java WebService.
Что касается ввода двоичных файлов, это может быть проблемой, поскольку сериализация двоичных файлов в Java и .NET может отличаться. т.е. только в том случае, если вы создаете двоичный файл во время выполнения. Я не помню правильно, но я думаю, что где-то читал, что есть разница в базовом механизме упорядочения байтов в .NET и Java. Одна из них является прямым порядком байтов, а другая - старшей, и поэтому сериализованные двоичные файлы обеих платформ могут отличаться, хотя они могут сериализовать одни и те же данные. (Я не уверен на 100% в этом, поэтому, если кто-то знает это, пожалуйста, поправьте меня)