Вы можете загрузить сертификат из хранилища ключей Java следующим образом:
char[] pwdArray = "password".toCharArray();
KeyStore ks = KeyStore.getInstance("JKS");
ks.load(new FileInputStream("myKeyStore.jks"), pwdArray);
Certificate cert = ks.getCertificate("MyAlias");
Базовый класс Certificate не имеет метода для доступа к серийным номерам, но я предполагаю, что вы используете сертификаты X.509. Вы можете использовать класс X509Certificate следующим образом:
X509Certificate xcert = (X509Certificate) cert;
BigInteger serial = xcert.getSerialNumber();
Подробную информацию можно найти в документации API по адресу https://docs.oracle.com/javase/7/docs/api/java/security/cert/X509Certificate.html
.