Это постоянная проблема для меня после перехода на Android Studio 3.1.
У меня поддерживаются ветви с разными языками, и при переключении назад и вперед кажется, что кэш поврежден, и Android Studio не может сканировать каталог других ресурсов.
В большинстве случаев "File -> Invalidate caches / Restart ... -> Invalidate and Restart" , кажется, это исправить.