Вы можете использовать функцию CSS calc ().
Если вы хотите иметь статический заголовок 44px и знаете, что нижний колонтитул должен быть 6%, тогда просто установите свой контент: 100% - 6% (нижний колонтитул)= 94% - 44px (заголовок).
Таким образом, используя calc ():
content {
width: calc(94% - 44px);
}
* {
box-sizing: border-box;
}
html, body {
height: 100%;
margin: 0;
padding:0;
}
header {
height: 44px;
width: 100%;
background: red;
}
main {
height: calc(94% - 44px);
background: yellow;
}
footer {
height: 6%;
background: green;
}
<header></header>
<main></main>
<footer></footer>