Отрегулируйте ulimit [ограничение дескриптора открытого файла] в Mac OS X Sierra для запуска инструментов GATK - PullRequest
Новая
       20

Отрегулируйте ulimit [ограничение дескриптора открытого файла] в Mac OS X Sierra для запуска инструментов GATK

0 голосов
/ 11 мая 2018

Я пытаюсь запустить инструмент VariantsToBinaryPed из GATK3, но кажется, что «предел дескриптора открытого файла» моей системы слишком мал для успешной работы.

Я пытался увеличить лимит, используя ulimit, как показано ниже, но команда все равно не работает.

Команда GATK: 

 > java -jar GenomeAnalysisTK.jar \
   -T VariantsToBinaryPed \
   -R Homo_sapiens_assembly38.fasta \
   -V  ~/vcf/snp.indel.recal.splitMA_norm.vcf.bgz\
   -m ~/03_IdentityCheck/KING/targeted_seq_ped_clean.fam\
   -bed output.bed\
   -bim output.bim\
   -fam output.fam\
   --minGenotypeQuality 0

Возвращает эту ошибку: 

ERROR MESSAGE: An error occurred because there were too many files 
open concurrently; your system's open file handle limit is probably too small.  
See the unix ulimit command to adjust this limit or 
ask your system administrator for help.

Следуя совету, данному здесь , я побежал: 

echo kern.maxfiles=65536 | sudo tee -a /etc/sysctl.conf
echo kern.maxfilesperproc=65536 | sudo tee -a /etc/sysctl.conf
sudo sysctl -w kern.maxfiles=65536
sudo sysctl -w kern.maxfilesperproc=65536
sudo ulimit -n 65536 65536

и добавил эту строку в мой .bash_profile и получил ее: 

ulimit -n 65536 65536

Так что теперь, когда я запускаю ulimit -n, я получаю:

65536

Однако я все еще получаю ту же ошибку от GATK: 

ERROR MESSAGE: An error occurred because there were too many files 
open concurrently; your system's open file handle limit is probably too small.  
See the unix ulimit command to adjust this limit or 
ask your system administrator for help.

Что еще я могу сделать, чтобы избежать этой ошибки?

...