Вы можете использовать проверку, если уровень существует, и назначить только объект, если он не установлен.
function addLevels(levels, object) {
levels.reduce((o, l) => o[l] = o[l] || {}, object);
}
var object = {};
addLevels(["a", "b", "x"], object);
addLevels(["a", "d", "z"], object);
console.log(object);