Вы можете использовать что-то вроде awk вместо CPP? Добавьте несколько флагов в ваш код, окружающих кусок кода, который нужно удалить. Например:
(...)
//BEGIN_REMOVE_THIS_CODE
printf("secret code");
//END_REMOVE_THIS_CODE
(...)
затем напишите сценарий awk для удаления этого кода, что-то вроде ...
BEGIN { write=1;}
/^\/\/BEGIN_REMOVE_THIS_CODE/ { write=0; next;}
/^\/\/END_REMOVE_THIS_CODE/ { write=1; next;}
{
if(write==1) print $0;
}