Как я могу исследовать корреляции между локализацией опухоли и экспрессией поверхностных рецепторов в R-studio?

Question

Я не уверен, какой подход я должен использовать для следующего примера - поэтому я надеюсь, что вы можете помочь с некоторыми входами. Я использую R-studio.

У меня есть четыре возможных локализации опухоли в области головы. Переменная называется d $ location == 0 до 3. Я хочу исследовать, насколько специфическая экспрессия различных поверхностных рецепторов (d $ r1, d $ r2, d $ r3 ... d $ rN) коррелирует с определенными локализациями опухоли.

У меня есть выборка из 175 пациентов в разделе «Мои данные» ниже. d $ r1 = 0 означает, что рецептор НЕ экспрессируется, а d $ r1 = 1 означает, что рецептор экспрессирован (и поэтому один для всех d $ r).

Можете ли вы помочь с какой моделью / подходом я должен использовать?

#My data
d <-  structure(list(location = c(2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 0L, 2L, 0L, 0L, 
                              2L, 2L, 2L, 0L, 0L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 0L, 2L, 2L, 
                              2L, 1L, 3L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 3L, 0L, 0L, 
                              0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 2L, 2L, 0L, 1L, 0L, 
                              2L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 3L, 0L, 1L, 0L, 2L, 0L, 0L, 
                              2L, 0L, 2L, 0L, 2L, 2L, 0L, 3L, 1L, 0L, 2L, 2L, 0L, 2L, 2L, 1L, 
                              2L, 2L, 2L, 2L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 2L, 1L, 2L, 0L, 2L, 2L, 
                              0L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 0L, 2L, 2L, 2L, 0L, 2L, 2L, 1L, 0L, 
                              0L, 0L, 0L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 0L, 2L, 0L, 2L, 2L, 0L, 2L, 1L, 
                              1L, 2L, 0L, 2L, 0L, 2L, 2L, 0L, 2L, 0L, 0L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 
                              0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 0L, 3L, 0L, 3L, 2L, 0L, 3L, 
                              2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 0L), r1 = c(1L, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 
                                                                  NA, 1L, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 
                                                                  1L, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, NA, 1L, 
                                                                  1L, 1L, 1L, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                  1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 
                                                                  1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                  1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                  1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 
                                                                  1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, NA, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 
                                                                  1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                  1L, 1L, 1L, 1L, 0L, NA, 1L, NA, NA, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 
                                                                  1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L), r2 = c(0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                              1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                              1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                              1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                              1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                              0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                              1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                              1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                              1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 
                                                                                                              1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, NA, 1L, 1L, 
                                                                                                              1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                              1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), r3 = c(NA, 0L, 1L, 
                                                                                                                                                                  1L, NA, NA, NA, NA, 0L, 0L, 0L, NA, 0L, NA, NA, 1L, 0L, NA, NA, 
                                                                                                                                                                  0L, NA, 0L, 0L, NA, 0L, NA, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, NA, 0L, NA, 
                                                                                                                                                                  1L, 0L, NA, 0L, NA, 0L, 0L, 0L, NA, NA, 0L, 0L, 0L, NA, NA, 0L, 
                                                                                                                                                                  0L, 1L, 0L, 0L, 0L, NA, NA, 0L, NA, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, NA, 
                                                                                                                                                                  0L, 0L, NA, 0L, 1L, 0L, NA, 0L, 1L, 0L, NA, 1L, NA, 0L, 0L, NA, 
                                                                                                                                                                  1L, 1L, NA, 0L, 0L, NA, NA, 0L, 0L, 0L, NA, 0L, 0L, NA, 1L, 0L, 
                                                                                                                                                                  0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, NA, NA, 1L, 1L, NA, 0L, NA, 1L, NA, 
                                                                                                                                                                  0L, 0L, 0L, NA, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, NA, 0L, 1L, NA, 0L, NA, 
                                                                                                                                                                  NA, 0L, NA, 0L, 0L, 0L, NA, 0L, 0L, NA, NA, 1L, 0L, NA, 0L, 0L, 
                                                                                                                                                                  NA, NA, 0L, 0L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 0L, NA, NA, 0L, NA, 0L, 
                                                                                                                                                                  0L, 0L, 0L, NA, NA, NA, 0L, NA, 1L, NA, NA, NA, NA), r4 = c(0L, 
                                                                                                                                                                                                                              0L, NA, 0L, 0L, NA, 0L, NA, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, NA, 0L, 0L, 
                                                                                                                                                                                                                              1L, NA, 0L, 1L, NA, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 
                                                                                                                                                                                                                              0L, NA, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 
                                                                                                                                                                                                                              1L, 1L, 0L, NA, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 
                                                                                                                                                                                                                              1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 
                                                                                                                                                                                                                              1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
                                                                                                                                                                                                                              0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, NA, 1L, NA, 
                                                                                                                                                                                                                              0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, NA, 
                                                                                                                                                                                                                              1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 
                                                                                                                                                                                                                              1L, 0L, 0L, 0L, 0L, NA, NA, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 
                                                                                                                                                                                                                              0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L)), .Names = c("location", 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                       "r1", "r2", "r3", "r4"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -176L))