Делай, как хочешь, и что меньше мешает. Оба решения могут быть отменены: каталог в репозитории может быть извлечен и импортирован в новый репозиторий, или отдельный репозиторий может быть импортирован в первый. Я не думаю, что какой-либо из подходов значительно лучше. Так что выбирайте свободно. Я думаю, что ваше решение будет в основном зависеть от вопроса, кто имеет доступ к project1 и project2. Если это те же пользователи, у вас все в порядке с одним хранилищем.
На работе мы небольшая команда (менее 10 разработчиков) и решили поместить все проекты в один и тот же репозиторий с разными подкаталогами.
РЕДАКТИРОВАТЬ : Когда я говорил о ком-то еще об этом, я обнаружил одну проблему: возможность свободного перемещения проектов между хранилищами ограничена пользователями, которые имеют административный доступ к хранилищу. Как тот, кто решает, получает ли проект каталог или хранилище своего собственного административного доступа, вполне вероятно. Но если вы не можете таким образом использовать репозиторий, становится трудным или невозможным позднее переместить проект в другой репозиторий. В этом случае этот вопрос нужно рассмотреть более тщательно.