Изначально я не заметил, что вопрос был о Cygwin. В любом случае, это решение для DOS (не Cygwin).
Откройте командную строку и введите COPY /?
COPY позволяет объединять файлы с помощью оператора +
Также позволяет назначать их как двоичные с помощью оператора /B
Так что если вы перейдете в каталог с помощью CD MyDir и запустите следующее, я ожидаю, что ваш сцепленный файл будет создан
COPY /B File1.bin + File2.bin file3.bin