РЕДАКТИРОВАТЬ: Поскольку OP изменил Input_file, поэтому добавление решения в соответствии с предложениями Эд сэр в комментариях.
awk '!(/^#/ || $2~/^0\/0/)' Input_file
Не могли бы вы попробовать следующие.
awk '!/^#meta/ && $2!="0/0"' Input_file
ИЛИ
awk '!/^#/ && $2!="0/0"' Input_file
ИЛИ
awk '!(/^#/ || $2=="0/0")' Input_file
SET BEGIN{FS=OFS="\t"}
в случае, если ваш Input_file разделен TAB, и вам нужно OFS
выводить как \t
TAB.