Посетите эту страницу, на которой довольно легко проследить процесс ветвления и объединения в CVS
http://kb.wisc.edu/middleware/page.php?id=4087
Также содержит пример замены HEAD на указанную ветвь
Замена одной ветви другой
Отметьте конец вашей ветви
cvs tag merge_NEW_BRANCH
Переключитесь обратно на заменяемую ветку
На голову:
cvs up -A
В филиал:
cvs up -r OLD_BRANCH
сделать замену:
Заменить головку
cvs up -jHEAD -j NEW_BRANCH
Заменить ветку
cvs up -jOLD_BRANCH -j NEW_BRANCH
Зафиксируйте изменения и отметьте, если вам нужно.