Чао, не уверен, что ваша проблема - это URL-путь или тот факт, что приложение не загружается, пока javascript будет находиться в папке темы.
Я нашел эту статью полезной, которая описывает, как использовать --deploy-url для загрузки правильного javascript в форме.
Но если проблема похожа на этот другой случай, я не знаю, правильное ли решение состоит в том, чтобы изменить файл htaccess для выполнения перенаправлений.