Для обновления вы можете настроить свои правила проверки, чтобы игнорировать текущую запись пользователя при обновлении. Подпись правила такова:
'email' => 'unique:user,email,{$userId},id,deleted_at,NULL'
Для вставки нового, правило, подобное этому:
'email' => 'unique:user,email,NULL,NULL,deleted_at,NULL'
Должен работать и игнорировать softDeleted
записи. Если все равно не получится, если в вашей базе данных есть уникальный ключ.
Конечно, если вы также восстановите запись, у вас будут дубликаты, которые Laravel не сможет предотвратить.