Диалоговое окно «Добавить ссылку» в VS показывает только сборки BCL, есть процедура настройки, позволяющая показывать другие сборки, но я не знаю.
Что вам нужно сделать, это иметь 2 копии сборки, одну в GAC, а другую где-нибудь еще, скажем, c: \ libs. Когда вы делаете «Добавить ссылку», вы переходите к c: \ libs и выбираете его, VS обнаружит, GACed или нет сборка.