Вы можете использовать заголовки ответа, чтобы узнать тип файла, а затем настроить файл по мере необходимости.
$data = Invoke-WebRequest -Uri $Url -Method get
Switch ($data.Headers.'Content-Type'){
"*pdf*" {$Data.content | Out-File MyOutfile.pdf}
"*jpeg*" {$Data.content | Out-File MyOutfile.jpg}
}