Попробуйте dplyr::coalesce(...)
Данные - примечание coalesce
не работает с факторами
df <- read.table(text="date1,date2
2016-08-29 02:31:34,NA
NA,2016-08-29 17:59:23", header=TRUE, sep=",", stringsAsFactors=FALSE)
Решение
df$dates <- dplyr::coalesce(df$date1, df$date2)
# date1 date2 dates
# 1 2016-08-29 02:31:34 <NA> 2016-08-29 02:31:34
# 2 <NA> 2016-08-29 17:59:23 2016-08-29 17:59:23