Я думаю, нам нужна дополнительная информация о том, чего вы пытаетесь достичь. Файлы Javascript не будут включены в файлы проекта Maven, такие как pom.xml, но будут импортированы на страницы, на которых вы используете Javascript. Вы можете поместить файлы Javascript в каталог src.main.webapp.javascript, а затем импортируйте его на свою HTML-страницу:
<script src="javascript/myscripts.js"></script>