Это обычно происходит всякий раз, когда у вас есть файл класса, на который опирается ваша программа, и он обнаруживается во время компиляции, но не найден во время выполнения.Попробуйте проверить время создания и пути к классам времени выполнения, чтобы увидеть, есть ли какие-либо различия.
Другая вещь, которую нужно попробовать, это попытаться объявить следующее в вашем основном классе приложения:
@ComponentScan("org.example.base")
@EntityScan("declare.base.package")
@EnableJpaRepositories("declare.dao.package")