Вы можете перейти в «Управление Jenkins -> Конфигурировать систему» и посмотреть, все ли у вас в ней конфигурации (в GUI). Если да, продолжайте и сохраните его. Это, скорее всего, должно восстановить config.xml.
Как только это будет сделано. Идите вперед и посмотрите в файле config.xml, чтобы увидеть, доступны ли там ваши задания, конфигурации ldap.
В дальнейшем используйте ThinBackup Plugin для резервного копирования ваших конфигураций в будущем. Также всегда рекомендуется сделать резервную копию вашей директории Jenkins_Home. Используйте плагин истории конфигурации задания для отслеживания и отмены изменений, которые вносятся в каждое задание и глобальные конфигурации.