Это означает, что когда вы запустили git pull, у вас были некоторые модификации, которые не были зафиксированы.
В этом случае git спрятал их перед извлечением и повторно применяет их после.
Если после этого дополнительного сообщения не появляется: это обычно означает, что все хорошо.