Я нашел решение и хотел, чтобы кто-нибудь с такой же проблемой знал.
@ Зефир был недалеко, но именно maxHeight, но minHeight создали проблему. Он должен быть установлен в USE_PREF_SIZE в SceneBuilder вместо USE_COMPUTED_SIZE, который кажется значением по умолчанию. После этого просто измените ваш prefSize в пользовательском интерфейсе SceneBuilder, и все работает отлично. Проблема, возможно, заключалась в том, что система не смогла рассчитать правильную высоту самостоятельно, по какой-либо причине, вероятно, что-то связанное со шрифтом, потому что это не произошло с другими шрифтами.