Вы можете просмотреть первый массив в массиве массивов и проверить, какое из его значений присутствует во всех других массивах.
Вот пример:
function intersection(input) {
let firstArray = input[0];
let restOfArrays = input.splice(1);
return firstArray.filter(v => restOfArrays.every(arr => arr.includes(v)));
}
const input = [[5, 10, 15, 20], [15, 88, 1, 5, 7], [1, 10, 15, 5, 20]];
const result = intersection(input);
console.log(result);