Сканер System.in по умолчанию является средством чтения ввода из командной строки.Если вы устанавливаете свои значения равными входу консоли, вы абсолютно ничего не делаете с входами JOptionPane.Вы не должны смешивать консольные программы с GUI вообще.Возможно, вы захотите сделать что-то более похожее на это, используя результаты JOptionPane.
...
int Value1, Value2, Value3, average;
Value1 = Integer.parseInt(JOptionPane.showInputDialog("What is your first value?"));
Value2 = Integer.parseInt(JOptionPane.showInputDialog("What is your second value?"));
Value3 = Integer.parseInt(JOptionPane.showInputDialog("What is your third value?"));
average = (Value1 + Value2 + Value3) / 3;
JOptionPane.showMessageDialog(null, "The average grade is " + average + "%.");
...
Хотя это не было в вашем вопросе, ваши предложения if else очень длинные, и вам действительно следует сократить их до этого.
String avgGrade = "";
if (average < 60)
avgGrade = "F";
else if (average < 70)
avgGrade = "D";
else if (average < 80)
avgGrade = "C";
else if (average < 90)
avgGrade = "B";
else
avgGrade = "A";
JOptionPane.showMessageDialog(null, "The grade for "+ average + "% is "+avgGrade+".");