Я всегда использую задачу FileUpdate из MSBuildCommunityTasks, найденную на http://msbuildtasks.tigris.org/
Вы можете использовать регулярные выражения, чтобы найти шаблон, а затем заменить текст, который вы хотите.
Например: заменить номер версии в сборке-info.cs:
<FileUpdate Files="@(VersioningAssemblyInfoFiles)"
Regex="AssemblyFileVersion\(".*"\)\]"
ReplacementText="AssemblyFileVersion("$(VersionMajor).$(VersionMinor).$(VersionBuild).$(VersionRevision)")]" />