Возможно, использование bash будет быстрее:
head -n 1 first.csv > merged.csv
tail -q -n +2 *.csv >> merged.csv
Идея в том, что вам не нужно ничего анализировать.
Первая команда копирует заголовок одного из файлов. Вы можете пропустить эту строку, если у вас нет заголовка. Tail пропускает заголовки для всех файлов и добавляет их в CSV.
Добавление в python, вероятно, дороже.
Конечно, убедитесь, что ваш анализ все еще действителен с использованием панд.
Любопытно, что ваш тест.