Вы открываете выходной файл для записи в каждой итерации цикла.Каждую итерацию новый файл открывается в режиме write , перезаписывая существующий файл "Students.txt".
read = db.Student.find()
# use iter() to include loop for the first item index = 0
# use next(read, None) if you want to skip the first item index = 0
# object = iter(read)
object = iter(read)
'''Do a for loop to loop and print out each document'''
with open("Student.txt", "w", newline="") as fp:
for object in read:
read_records = str(object['_id']), str(object['ID']), object['item'],
str(object['qty'])
r = ' '.join(read_records)
print(r)
fp.write(r)
fp.close()
Я думаю, это решит вашу проблему.